San Rafael de Alajuela es uno de los más extensos e importantes distritos del cantón central, situado solamente a 7 kilómetros al sur de la ciudad de Alajuela, a 10 kilómetros de la ciudad de San José, y a 9 kilómetros de la ciudad de Heredia. Limita al este con el cantón de San Antonio de Belén; al Oeste, con la Guácima; al Norte con el río segundo y parte de la Guácima; y al Sur, con el río Virilla.
San Rafael, es el distrito octavo del cantón central de Alajuela y se localiza entre los paralelos 91º 58º y 28º, latitud norte y entre los meridianos 84, 52 y 55, longitud oeste. Está ubicado al sur de la ciudad de Alajuela, en el vértice que divide a la provincia con las de Heredia y San José.